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ctDNA測序難點新突破

更新時間:2016-03-30 點擊量:1485

在3月6日-11日舉行的舊金山分子醫(yī)學(xué)三方會議(The Molecular Medicine Tri-Conference)上,安可濟(AccuraGen)公司的聯(lián)合創(chuàng)始人兼科研總監(jiān)趙奇志(Grace Zhao)博士發(fā)表了安可濟的ctDNA高通量測序技術(shù)FireflyTM的原理,及其和主流技術(shù)的性能比較,證明基于FireflyTM技術(shù)開發(fā)的基因液態(tài)活檢產(chǎn)品可能是目前上性能的ctDNA高通量測序產(chǎn)品。這意味著由中國海外學(xué)者創(chuàng)始的這家公司在腫瘤液態(tài)活檢領(lǐng)域走在了世界前列。

安可濟(AccuraGen)公司聯(lián)合創(chuàng)始人兼科研總監(jiān)趙奇志(Grace Zhao)博士

日前,基因組專業(yè)GenomeWeb對此做了報道。舊金山分子醫(yī)學(xué)三方會議已有23年歷史,聚焦分子醫(yī)學(xué),涵蓋新藥研發(fā)、基因組學(xué)、體外診斷、生物信息、商務(wù)策略、平臺開發(fā)等多領(lǐng)域,是診斷方法與新藥研發(fā)領(lǐng)域相關(guān)人士不可錯過的*盛會。

液態(tài)活檢是腫瘤醫(yī)療領(lǐng)域炙手可熱的明星技術(shù)。循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)高通量測序技術(shù)是液態(tài)活檢的一種,也是前景的。它只需像化驗肝腎功能那樣采集靜脈血,即可對全身的腫瘤基因信息進行測定,基于腫瘤基因信息,就可以指導(dǎo)抗腫瘤藥物選用、療效評估、預(yù)后判斷,甚至早期發(fā)現(xiàn)和早期診斷。然而,測序ctDNA存在兩個巨大技術(shù)障礙:首先是血漿中的ctDNA含量極低,做不了幾個檢測反應(yīng)。其次是二代測序背景噪聲很高,用常規(guī)建庫測序方法腫瘤信號*淹沒在背景噪聲中。這一領(lǐng)域的*高手都在致力于攻克這兩個難題。

趙奇志博士在舊金山分子醫(yī)學(xué)三方會議上發(fā)言

在3月11日的循環(huán)腫瘤DNA分會場上,趙奇志博士主持了會議,并報告了FireflyTM技術(shù)的原理與進展。安可濟采用單鏈環(huán)化DNA滾環(huán)復(fù)制串聯(lián)重復(fù)確認(rèn)法,取代主流的雙鏈DNA分子條碼擴增比對確認(rèn)法,在解決了微量的循環(huán)腫瘤DNA擴增難題的同時極大地提高了檢測靈敏度和特異性?;谠摷夹g(shù)開發(fā)的涵蓋61個基因測序的安可行TM產(chǎn)品已經(jīng)完成了性能驗證,正在中國推進針對不同癌癥種類的6個臨床合作研究項目。臨床研究結(jié)果證明了在晚期肺癌病例中,ctDNA與組織測序98%病例符合率和高達87%位點符合率。通過對胰腺癌的近兩年的研究觀察,發(fā)現(xiàn)了ctDNA突變譜與預(yù)后和*獲益率之間的相關(guān)性。在直結(jié)腸癌指導(dǎo)用藥研究中,發(fā)現(xiàn)了明確的ctDNA與療效和復(fù)發(fā)的相關(guān)性。這些研究成果已經(jīng)投稿今年六月的美國臨床腫瘤學(xué)會(ASCO)年會,也為下一步產(chǎn)品開發(fā)奠定了堅實的基礎(chǔ)。若干年前,蘋果創(chuàng)始人喬布斯花10萬美金進行腫瘤基因測序,還只能取材腫瘤組織活檢標(biāo)本,這在實際應(yīng)用中有很大局限。而只需采血的液態(tài)活檢則應(yīng)用極為方便。不僅如此,組織活檢像切蛋糕一樣,只檢測了腫瘤的一部分,而循環(huán)血中的ctDNA則能反映腫瘤全貌,這對全面了解腫瘤特征、給藥提供了的視野。

安可濟(AccuraGen)公司美國研發(fā)團隊合影

左起依次為:Paul Tang博士,聯(lián)合創(chuàng)始人、基因組學(xué)總監(jiān);Grace 趙奇志博士,聯(lián)合創(chuàng)始人、科研總監(jiān);孫朝輝碩士,聯(lián)合創(chuàng)始人、CIO;林盛榕博士,聯(lián)合創(chuàng)始人、總裁兼CTO;翁莉博士,產(chǎn)品研發(fā)副總裁;Malek Faham博士,CSO。

目前,兩年多年前初創(chuàng)于美國加州Palo Alto的安可濟公司已經(jīng)遷至Menlo Park,形成了*的研發(fā)團隊,同時,在中國上海設(shè)立了*醫(yī)學(xué)檢驗所和商業(yè)推廣機構(gòu)。據(jù)悉,該公司近期將有進一步發(fā)展布局,十分值得期待。